Caminin yapımını 1410 yılında Yıldırım Beyazıt Hanı’ın oğlu Musa Çelebi başlatmıştır. 27 sene sonra 1937 yılında temeli atılan yapıyı (I. Mehmet’in) Mehmet Çelebi’nin oğlu II.Murat Han 1447 yılında tamamlamıştır. Caminin mimarı; o dönemin meşhurlarından felçli Mimar Muslihiddin’dir.
Caminin ilk adı II. Murat yaptırdığı için Muradiye imiş. Sonra adı değişip Yeni Cami ardından halk şerefesinden dolayı buraya Üç Şerefeli Cami demeye başlamıştır.
Üç Şerefeli Cami Selçuklu mimarisinden Osmanlı mimarisine geçisin ilk örneklerinden olup Edirne’de yapılan ilk 3 şerefeli minare bu camidedir. Edirne’deki camiler içinde ilk avlusu olan cami burası olmuştur.
Minareleri
Şadırvan avlusunun dört bir yanına yerleştirilmiş, her biri farklı boyut, genişlik, farklı geçiş unsurlarına sahip dört minaresiyle ilk uygulamadır.
Bunlardan birincisi camiye adını veren üç şerefeli olanıdır. Bu minareye üç ayrı yoldan çıkılmaktadır. Bu uygulamaya ilk defa burada rastlanmaktadır.
I.yol 1 ve 3. şerefeye
II.yol 2 ve 3. şerefeye
III. yol ise sadece 3. şerefeye çıkmaktadır.
Minarenin yüksekliği 81 metredir.
İki Şerefeli olan 2. minare baklava motifli ve iki yolludur.
Kubbesi
Bu camiyle birlikte çok kubbeli yapıdan tek ve merkezi kubbeli bir yapıya geçilmiştir. Caminin ortasında bulunan 24 metre çapındaki büyük kubbe; ikisi serbest, dört tanesi duvarlar içinde bulunan altı paye(ayak) ile taşınmaktadır. Ana kubbe yanlardaki diğer kubbelerle desteklenmiştir. O tarihe kadar yapılmış en büyük çaptaki kubbe, bu merkezi kubbedir. Caminin toplam 9 adet kubbesi vardır.
Kubbeli ve Revaklı Harem Avlu
Bu türde kubbeli ve revaklı harem avlusu ilk defa üç şerefeli camiinde uygulanmıştır. 22 adet kubbesi vardır. Bu model daha sonraki camilere örnek olmuştur.
Üç Şerefeli Cami Haziresi
Caminin kıble yönündeki mezarlıkta; o dönemin (1666-1875) ileri gelen zatları bulunmaktadır. Mezarlıkta 195 mezar taşı mevcuttur.
Bu hazire Osmanlıdan günümüze kadar ulaşan hazirelerimizden birisidir.
Edirne Üç Şerefeli Cami, geçmişte farklı yapılarda tek tek uygulamış bir takım unsurları kendi bünyesinde yeni bir anlayışla kaynaştırırken, kendinden sonraki giderek klasikleşen Osmanlı mimarlık anlayışına da bir başlangıç oluşturmuştur.