M.Ö 70.000 yılında Endonezya’nın Sumatra adasında gerçekleşen Toba Yanardağı patlamasıyla ortaya çıkan ısı, 1.000 km uzaklıktaki kayaları eritmiştir. Meydana gelen kül, toz ve buhar havaya yayılarak, güneş ışığının yer yüzüne ulaşmasını 6 yıl boyunca engellemiştir. Hal böyle olunca, mevsimsel yağmurlar ve akarsular durumdan etkilenmiş, bitki örtüsü tahrip olmuştur. İnsanlık, kıtlıkla mücadelede çok çetin bir savaş içinde kalmıştır. Konu ile ilgili bilimsel çalışmalar, yetişkin insan sayısının 40 çifte kadar düştüğünü göstermektedir.

50.000 yıl önce insanlık diğer adalara gitmiş. Çünkü araziler daha büyük ve seniz seviyesi daha alçak olduğu için yaşama daha uygundu. Flores adasına varıldığında köpek büyüklüğünde Hobbit’ler ve at büyüklüğünde filler bulundu.

Bali’ye il olarak M.Ö 2000 yılında Taiwan’dan göç eden Avustronezyalı’lar yerleşmiştir. Ve beraberinde pirinç ekim sistemini ve animizmi de beraberinde getirmişlerdir. Bu zamandan kalma taş aletler adadaki Cekik isimli köyde bulunmuştur. Bali halkı kültürel ve dilsel olarak çevresindeki Malezya, Filipinler, Okyanusya ile benzerlikler gösterir.

Endonezya’da yerleşik düzen Majapahit İmparatorluğu’nun hakimiyeti ile başlamıştır. 13. ve 16.yüzyıllarda Java merkezli olmak üzere Güneydoğu Asya’da varlığını sürdüren bir devlet olmuştur. İmparatorlu’ğun çöküşü üzerine İslamiyet’in yayılmasıyla 15.yy’da Java’dan entellektüeller, sanatçılar ve müzizyenler Bali adasına göç etmiştir.

Avrupalıların ilk Bali ile tanışması 1585 yılına dayanır. Bukit yarımadasıda portekiz menşeeli bir geminin batmasıyla gerçekleşmiştir. 

Sonrasında 1597 yılında Hollanda’lı kaşif Cornelis De Houtman Bali’ye geliyor. Burada 1602 yılında hollanda doğu hindistan (voc) şirketini kuruyor. Şirkete, parlamento tarafından çıkartılan bir kanunla, savaş açma, diğer devletlerle antlaşmalar yapma, para basma, koloni kurma, şahısları mahkum etme ve cezalandırma gibi yetkiler verilmesi, firmanın aslında özerk bir devlet gibi konumlandığını göstermektedir. Hepsinin tek derdi baharattı. Çünkü o zamanlar baharat altın değerindeydi. 

Hollanda hristiyanlığın yayılması için neler yapmış onlara bakalım; 

-Hristiyan okullarına devam edien Endonezyalı çocuklara günlük pirinç yardımı 

-Hollanda’nın sömürgesinde bulunan endonezyalılara zorunlu hristiyanlık eğitimi verilmesi (1622), 

-Hristiyanlığı kabul edenlere para verilmesi (1635),

-Müslümanların sünnet olması yasaklanmış (1643),

-Dini okullar kapatılmış (1643),

-Hac ibadeti engellenmiştir. Pek çok hacı ülkesine geri sokulmamış ve göçe zorlanmışlardır.

İşte bu son yasakla sömürge karşıtlığı iyice artmış ve 19 yy’da acente savaşı (1873-1904) başta olmak üzere ülkede binlerce kişinin öldüğü çok savaş yaşanmıştır.

Hollanda şirketinin endonezyadaki misyonerlik faaliyeti endonezyanın bağımsızlığını kazandığı 20.yy’ın ortalarına kadar sürmüştür.

II.Dünya savaşı dönemine bakacak olursak 1942’de Endonezya japonya tarafından işgal edilmiştir. Bu sayede hollanda Endonezya’dan çekilmiştir. Japonyanın II.dünya savaşını kaybetmesi üzerine 17 aralık 1954 yılında Endonezya bağımsızlığını kazanmıştır. Ama bu kararı hollanda tanımamıştır. Hollanda her ne kadar toprakları geri almak için tam 4 yıl uğraştıysa da başarılı olamamış ve 27 aralık 1949 yılında endonezyanın bağımsızlığı kabul etmiştir. 

İşgaller bitmiş ama Bali her daim saldırı altında kalmaya devam etmiştir. Çok kısa bir süre önce radikal dincilerin saldırması sonucu turizm çok etkilenmiştir.